Nabídka Protokol je umístěna v menu Provoz modulu Manažer, popř. též v menu Společné (BYZNYS) -> Servisní činnosti -> Protokoly systémové. Jsou zde zobrazeny ucelené informace o provedených operacích v systému BYZNYS. Typ operací, které chcete protokolovat se nastavuje v menu Společné (BYZNYS) -> Systémové nastavení a údaje o firmě -> záložka Nastavení chování -> sekce Protokolování operací.