Pokud jsou uvedená období na FP rozdílná, vznikají pro fakturu dva účetní doklady – zaúčtování předpisu faktury, kdy DPH je zaúčtováno na spojovací účet, a přeúčtování DPH ze spojovacího účtu na 343 v příslušném období. Pro správnou funkčnost je nutné nastavit v Implicitním nastavení Fakturace na záložce Předkontace dod. spojovací účty pro DPH a řadu pro druhý účetní doklad (není nutností, ale doporučujeme mít speciální řadu jen pro tento účel) - položky Řada pro DPH, Spojovací účet 20% a Spojovací účet 10%. Pokud jsou faktury účtovány v řadě dle prvotního, nelze používat pro přeúčtování DPH stejnou účetní řadu.