Dle legislativy platné od roku 2005 je správné odečítat zálohu pouze v rámci základů DPH. To znamená, že na detailu faktury vydané mám pouze řádek se základem DPH fakturovaným a základ DPH který od celkové částky odčítám – pouze dva řádky. Je možno zobrazit i řádek na kterém bude vidět DPH k základu a stejně tak k němu mínusový řádek odečtu – toto je možno nastavit zatržením parametru v nastavení fakturace Odpočet VYZ/VYB faktur s DPH - parametr ovlivňuje, jakým způsobem bude dotahována faktura VYZ/VYB do 3. faktury zúčtovací. Ovšem jak již bylo řečeno není toto dle aktuální legislativy.