V případě, že uživatel správně vyplnil typ přijaté faktury pro plnění z EU, a přesto faktura do přehledu DPH nevstupuje, spočívá problém v zadání obchodního partnera. Partner musí být v takovém případě registrován k Dani z přidané hodnoty (v členské zemi EU), a proto musí být v číselníku obchodních partnerů systému BYZNYS® označen jako plátce (kladně vyplněna položka ^plátce DPH^ v kartě partnera).