Pro zapsání přijaté faktury použijte typ „D“ – faktura z dovozu, zde částky zapisujte v měně. Následně na základě JSD (= jednotný správní doklad) vzniká povinnost přiznat daň a také právo si provést odpočet této daně. Z tohoto důvodu existuje v systému faktura typu „C-C“ – doklad z celnice. Faktura typu „C-C“ se zapisuje v Kč. Zde je nutné vyplnit pole základ DPH a výše DPH. Výše DPH je odváděna finančnímu úřadu na základě daňového přiznání. Jedná se o reverse charge, takže výsledný dopad do přiznání k DPH z této faktury je nula (částka v poli výše DPH je uváděna jak na vstupu, tak i na výstupu).
Částka dokladu je odváděna celnímu úřadu. Jestliže je vyčísleno clo, tak částka cla se zapíše do pole částka a současně do pole bez DPH. Pokud clo vyčísleno není, jsou tato pole nulová.