V tomto případě by uživatel měl zadat standardně hlavičku faktury přijaté. Před zapsáním částky faktury je ale nutné vyplnit Soupis. Zde uživatel zadá, zboží či služby fakturované dodavatelem a k tomuto napáruje zálohu přes tlačítko Zálohové DPH. V poli Částka v soupisu pak dojde k vypočtení celkové částky soupisu. V případě, kdy je faktura přeplacená zálohou, bude tato částka záporná. Tuto částku pak uživatel teprve zapíše do hlavičky faktury.
Tento postup je nutné dodržet. Pokud by uživatel začal zapsáním záporné částky do hlavičky faktury, domníval by se systém, že se jedná o dobropis a nedovolil by na fakturu napárovat zálohu.