Je možné odepisovat účetní a daňový odpis z různých pořizovacích cen (např. odepisování automobilu)?

Ano. Řešení jsou dvě. 
Je možné zapnout Dvojí pořizovací ceny pro všechny evidované karty majetku v menu Obsluha/Nastavení/Změna implicitního nastavení na záložce Obecné. Tato operace je nevratná.
Nebo je možné zapnout dvojí pořizovací ceny jen pro jednu kartu majetku.A to zatržením parametru Odep. z daňové ceny na dané kartě majetku. I tato operace je neratná.